『迷うなら古い方(とかリジットマウントとかキャブとか)を買っておけ』

こんなのがあるんですか？

新旧モデルって全くの別バイクなんでそれぞれ大きな特徴があって、正直比較対象にもならないと思ってます。

ただ旧車も現行型も両方いいバイクですから、それでどっちがいいかなーって悩むのはなんか分かる気もします。

で、

インジェクションのスポーツスターに、スクリーミンイーグルなどの車検対応マフラーと適切なエアクリを付けて、キチンとチューニングした場合、

その状態で車検は通るものでしょうか？

車検対応マフラーであれば車検は通りますよ。騒音と排ガス規制をクリアしているはずです。そもそも初期登録と違って、継続の排ガステストはゆるいんで、触媒がついていれば大丈夫なはずです。

そもそも車検対応マフラーで95点を狙うのは厳しいでしょうか？

おそらく厳しい。

それぐらいノーマルサイズのサイレンサーサイズで排気の抜けと排ガスの基準をクリアーするのが難しいんだと思います。

これはツインカムのビックツインにも言えるところです。

で、やっぱり問題だったんでしょう。ミルウォーキー8（M8）ではこの辺の問題をガバっと解決するためにかなり現代的なアレンジを持つエキゾーストがつきました。

個人的には初めてハーレーが消音と排ガスと排気効率を効率よくバランスさせたケースだと思っています。

ツインカムは言うに及ばず、エボやショベルでも排気効率は2の次でともかく塞いで消音！って感じでしたからね。

ってことで、やっぱりそれなりに抜けるマフラーが必要かなと。爆音にしろ！って言ってるわけじゃありません。うるさすぎるのは本当に駄目です。
適度に消音されていて且つ抜けるマフラーを探してみてください。