お？
VOESに2000i！良いじゃないですか。しかもプログラムできるってなんなら初期EVOの実力をフルに発揮できそうですな！

三拍子ですね。まずこの三拍子の基本は『遅く、濃く』です。

これ、ずーっと前からおそらく口伝のように伝わっていたのかな？昔は誰でも知っていて作業内容でこれを伝えてくる人もいるぐらいでした。

手なことでまず2000i側のプログラムをノーマルラインもVOESラインもアイドリング付近のタイミングをプログラム上一番遅くセットします。これが一番重要です。ぶっちゃけこれが決まればもう終わりみたいなもんです。

特に低回転であればVOESがバリバリに効いているのでVOESラインは重要です。それでもまだ三拍子にならないようであれば、2000iのマウントボルトを緩めて、点火を遅い方に回して見てください。

基準点が変わるのでマップ上での数値がいい加減になりますが、問題ありません。遅くなった分はMAP上でいじればいいですし、これがプログラムできる最大のメリット（点火時期をガバナでは絶対にできないようないじり方ができる）ですので、そもそもの基準点は無視でいきましょう。

次にCVキャブですが、現在は走行自体に問題はないでしょうか？もし始動時に吹き返しを連発する、温まって走れるようになるまで時間がかかる等の症状があるならスロージェットも濃くできます。ジェット自体も見直してみましょう。

ただしあくまでスローです。メインジェットはアイドリングに全く影響いしないので無視でOK。

で、

・マフラー　独立管でノーマルサイレンサー（パンチアウト）

・シングル点火とデュアル点火でどうなるか？

・純正の連結管タイプのエキパイを独立管へ

この辺は三拍子と殆ど関係ありません。マフラー部分は聞こえ方に影響するので無関係とはいえませんが、それでも根本的な三拍子が出る、出ないには殆ど影響ないと思います。

ちなみにシングルとデュアルは高回転域での性能面で有利かってぐらいなもんで、通常使用であればまず違いを感じることはできないでしょう。

次に
後アンドリュースEV２７カムへの交換も考えてます

これですね。えーっと初期EVOでノーマルだった場合、既に後期EVOから見るとバリバリのはハイカムが入っています。

エボは年々排ガス規制やオーバーヒート対策だったのかぁ、ともかくパワーダウンしていくので、1986年頃はノーマルでもイケイケカムが入っており社外品のボルトオンカムなら交換する意味が良くも悪くもがないのです。

ってことでこれも除外でいいでしょう。

手なわけで基本はキャブと点火タイミングです。特に点火タイミングが最重要だと思ってください。

キャブも車体もいじり倒して好き放題やっているのに、なぜか点火タイミングだけは頑なにノーマル至上主義の方がたくさんいてもはや宗教レベルなんじゃね？と思いますが、点火のタイミングもものすごく重要なカスタム要素であり、事性能という点ではキャブよりも重視するべきところです。

適当にいじってもそのままバンバン走り倒すようなことがなければ壊れることもありませんし色々やってみましょう。

初期EVOは重たいフライホイールとローフリクション化されたミッションとプライマリーによりハーレーの中でもきれいな三拍子を打ちやすい車種だと思います。

たまに入る『デッデッデッデ・・・』って感じの合いの手（個人的にこう呼んでいる）もいい塩梅で好きです。

長くなりましたがこんな感じです。参考にしてください