回答が遅くなりました。

まずネジ穴がダメになる、まぁ結構あります。ネジ山が全くかからなくなるどころか見てみると山が全部なくなってただの穴のみになってるとかしょっちゅうですよ

コレを直すのにはヘリサート、ヘリコイル、インサートなんちゃらとかとか呼び名もメーカーも沢山ある部品を使って直します。

これらの基本な使い方はまずはそれ専用サイズのドリルで穴を拡大し、そこに専用タップをいれネジ山を切り切ったネジ山にヘリコイルを入れる。
このヘリサート自体はバネ見たいな構造・・・というより内側も外側もネジ山があるバネで、これが穴の内側にネジネジ入ることで、ネジ内径が元のネジサイズになるように設計されており、ネジ山が復活する仕組みデス。

言葉での説明がちと難しいので、気になるなら検索してみてください。ともかくネジ山の復活はこんな方法や最悪溶接で埋めて切り直すなどなどいろんな方法があると思ってください。

で、次にこんな穴がミッション内に貫通していることありゅ？

ですが…ありまーす！超あるよ！もうね！

なんでここ貫通させてんだよ！オイル漏れるだろーが！あほか！

みたいなのってスポーツスター以外にもたくさんあるよ！なんなら2000年代のツインカムのビックツインにもあったよ！

いやあのさぁ・・・ガスケットつけるとかじゃなくてだな、そもそも貫通させんなよ・・・

って感じです！

仮にそのカバーが本来貫通しているところじゃなかく、まずありえないと思いますが後から何らかの加工により貫通しちゃったパターンであったとしましょう。

だがしかしもうそれがどうした状態ですよ。だって純正の時点であっちこっち貫通させんな！穴があるんで、今更一箇所ぐらいなに？ぐらいの感覚です。

とりあえず貫通してしまっているものは仕方がなく、ネジを締めて隙間を埋めてオイルが漏れないようにするしか無いです。

もしかしたらその箇所はスタッドボルトだったのかもしれませんが、いずれにしてもネジ山修理が第一課題ですねー

修理は道具と技術が必要なので、ここは素直にバイク屋さんに依頼したほうがいいと思います。