確かに説明がアレ過ぎて分かりづらいと思うんですが、2秒とかはもうネットミームみたいなもんだと思っていただければ。そんなんで削れるぐらいならもう純正はこの世に残っていないのです…

それよりもスローアウトベアリングのマウント方法のほうが圧倒的に問題で、ここはクラッチ握れば握るほどいかれていくし、そもそもクラッチの力に耐える気が無い構造だったりします。

ここは考えすぎても乗りづらくなるだけなので、あんまり考えず正しい調整で乗ることを心がけるぐらいでいいと思いますよ。

んで、プライマリー周りの音とかそのへんですね。

まずオルタ交換でプライマリーチェーンラインがずれる等有ります。これ、確認がめんどくさいんですが、一度ちゃんと見たほうがいいかと思います。

他に怖いのがコンペセレーターナットがちゃんと締まらないとかそんなのですねー。異音が出ているということなので、この辺も見たいところ。

他にクラッチのキレが悪いってのでチェーンの張り過ぎを疑いたいところ。
唸り音ってことで実は張り過ぎが一番疑わしい。

張りをどのタイミングで確認しているかわかりませんが、一度あったまっている時に確認してみてください。

マニュアルとかには冷間時の時の張り調整時のチェーンのたわみ量が基準として書いてありますが、これはチェーンが片のびしておらず、かつスプロケが新品の時の超絶理想時の数値でしかありません。

こんなものは走行した後の車両に望めることもなく、マニュアル信じて調整するとだいたいパンパンになっちゃいます。

ともかく一度完全にあったまった状態でのプライマリーチェーン調整をおすすめします。

の完全にあったまっている状態で一番張る部分で真ん中つまんで1cmぐらい上下する程度の張りで充分です。

これで一度調整、その後冷間時との張りの差を確認して覚えておいてください。
多分ものすげーゆるゆるでびっくりするはずです。