むずいっすねー
こんなの考えたことなかったわ。

まず載せ替えですが、FXR同士だったら多分できます。エンジンもフレーム変わっていないので乗るには乗るでしょう。

ただ心配なのがセルとプライマリーかな？この辺は1988前後でまるっと変わっているので、これに合わせてプライマリーも下手すりゃクラッチも交換が必要になってくるかもしれません。

で、オイルパンですが、これってダイナとかじゃなかったっけ？後期FXRはオイルタンクなくしてオイルパンだったかな？
どうだったろ・・・仮にFXRにもオイルパンが採用されていたなら互換性はグッと減ると思ってください。これはつかないってわけじゃありません。スワップすることはできます。ただあれこれ動かさなきゃならないのが多そうなので、非現実的だとおもってください。

ざっくり互換性で推測される問題はこんなところだと思います。

ぶちゃけやったこと無いので完全に推測ですが、今現在の管理人の知識でFXRはフレームの変更はなかった。EVOエンジンのマウント変更なし。

1988年前後でセルの構造変更とともにプライマリーの変更があり、この際にミッションケースの形状変更があった。ただし、フレームとエンジンには変更がない＝マウント形状の変更もなかっと推測できる。

ミッションではクラッチレリーズの変更はあったが、これがどこまで規模（ケースの形状の変更が必要な規模だったか）は不明。ただし互換性を損なうような改良ではないと判断する。
でもセルのマウント位置の関係で、前期を後期につけるのは無理なのかな。わからん

とざっくりこんなところです。

後期のものに交換する最大のメリットとしてはクラッチシステムの変更でしょう。前期のレバー式はうまくやらんとめちゃくちゃ重いからね・・・