まず

フライホイールFマークがそもそもズレているのか

これは構造上ありえません。そこは安心していいと思います。

んで、いろんなところで言っていますが、フライホイールのマークはそこまで気にしないで点火時期をあわせましょう。当時の点火マークって現代のガソリンや車重の重さ、それこそ社外のデスビやなんかとか合わせて考えるとそこまで重要視する必要ってないんじゃね？てのが個人的な見解です。ピストン変わってりゃ圧縮も変わっているし、パンならバルブ交換とかされてて吸入効率が上がっていたりと、今更数十年前のノーマルの基準で合わせる意味がないんじゃないかと。

これでいいだろーってあわせるとだいたいノーマルより早い位置に来るのが普通です。
後、ポイントってポイントが開いた瞬間に火が飛ぶんですが、デスビのあのマークがあんまりあてにならないです。
要はあのマークにポイントのヒールがかかったからと言って必ずポイントが開くわけじゃない。これもあのマークをあんまりあてにぜず目視でポイントが開いたかな？ぐらいの合わせ方をしてみましょう。
更に正確にってんならテスターつかって導通を見るってのものあるんですが、まぁやらんでもいいかと。

オートアドバンスのデスビに変更ってことですが、これはパンとかの純正と同じマウントが2つ穴か、それともアーリーショベルタイプの一つ穴かで合わせ方が変わってきます。

一つ穴だったらネジ緩めて回してしまえばかなり自由に動くのでケッチンが来る程度のズレならひとまず遅らせる方向にデスビを動かせばまぁいい位置に来ると思います。

2つ穴でデスビが回せない場合は一度デスビをちょっと浮かしてギヤの噛み合いを一つずらして組んでみましょう。この一つのギヤを動かすだけでもかなり極端に点火タイミングが動くので、結構難しいんですが、ポイントプレートの限界まで来ててそれでも早いってなんなら多分これでいい位置に動かすことができる・・・はず

デスビはショベルと違ってこのギヤの噛み合い位置で点火タイミングを動かすことができるのが面倒でも便利なところでもあります。

ともかく点火が早すぎてケッチンの雨あられじゃ乗ってセッティングもできないので、まずは適当でもいいので点火を遅らせてエンジンを始動することを第一目標にしてください。