ニュートラル時の多分ゴロゴロ音かな？
まずショベルでもニュートラル時に派手な音がなるってことはまずありません。もし気になるレベルで音が出るようなら古いバイクでもやっぱり異常です。

状況が細かく書かれているのでそこから推察するに、十中八九プライマリーのサポートベアリングからの異音だと思います。

仮に車両が動いていない状態で、ギヤを入れる、このとき当然クラッチは切っている状態です。この状態だとエンジンの回転はクラッチで空回りしてミッションには到達していません。つまり停車しているのと差して変わらない状態です。

で、ニュートラル状態でクラッチをつなぐと車体は前進こそしませんが、ミッションの中にはばんばん動力が伝わり走行しているときのように各部が回転しています。

これだけで音の原因はメインシャフトから先と考える事ができます。

で、バンバン回っている場所で異常だと音が出やすいってか伝わりやすい場所がプライマリーベアリングです。

これはでかいプライマリーカバーにくっついているので共鳴し易いんでしょう。些細なゴロゴロでも結構な音がきこえたりします。

対してミッションの中の異常って相当な状態じゃなければオイル入っているし、カバーされているしで結構聞こえづらいんですよ。もし音が外まで漏れているようであれば走行不能ぐらいのダメージが入っていることが多いので、今回は除外です。

というわけで、インナープライマリーカバーを外してべエアリング交換って作業になるとおもいます。

やるとなるとセル外したりあれ取ったりと結構な大作業になるので、大変ですしバイク屋さんに頼むとなるとそれ相応の出費になると思います。あれ、洗うのも大変だし、ホースつなぐのもたいへんなんだよね…

後は、フロントのコンペセレーターナットの緩みってのが異音の原因にもなったりしますが、あれは走行中やエンブレ時なんかにも聞こえるので今回は除外しました。

が、ベアリング交換するならどうせバラしますので、その際にしっかりチェックしてみましょ！