回答が遅くなりました。全ては夏が悪いんだ…俺は悪くない

言い訳はさておいて、異音ですね～

これも実は結構難しい問題です。なにせいろんなところから思いもかけない音が出ることがあるので、結構断定が難しいですし、大体ええ？ここ？みたいなところから音が出ます。

今回の感じですと、多分ミッションとかとかエンジンとか多いところじゃなくて、特に

回転数を上げるとギア鳴り（ギュイーン）

この手の音は、タイヤとフェンダーのボルトとかが当たっている時によく出る音ですね。

で、乗っててもコレが振動としてでているとなると・・・まぁどっかがタイヤに当たっているんでしょう。と思います。

ボルトの緩みとかチェーン調整したら・・・とかそんな理由で唐突にどこかがあたり出す時があるので、そのへんは要注意です。

恐らく音も（これはまぁよくあるとして）振動まで出ているってこのなので、相当派手に当たっていると思うので、地面に這いつくばる勢いで自分のバイクをよく観察してみましょう。

絶対に何処か目につく範囲で何かが当たってる・・・と思います。

確かに1速限定であればどこかが干渉している可能性はひくいですね

でも、ミッションの中が悪くてもその手の音が出るってのはなかなか考えづらい。質問を見ると半クラの時に音が大きい、もしくは出やすいとかって感じですか？

なるほど
これ、ちょっと色々試した方がいいかもしれません。今のところクラッチ関係が怪しいかな？といったところですが、仮に1速以外のギヤに入っている時にちょっと半クラにしてみるとどうかとか調べたほうがいいかも。

2速と3速ぐらいで試してみればいいかと。

これで症状がでるようであれば、クラッチ回りを疑う。出ないようであれば…難しいですね―。ギヤってことはあんまり考えたくないですし、そんな音がするのか？っていう疑問が残る。

仮に1速が悪くてそんな音でるかなー
こうなってくるとバラさないとよくわからん！ってこととになりますが…

後は振動ですね。

コレもクラッチを切った時何速でもでるのかそのへんが故障箇所の診断につながると思います。

ともかく場所が場所なので、直した方がいいですし、かといって闇雲にバラバラにするにも大変な場所です。

もうちょっと条件を絞って色々テストしてみたほうがいいかと思います。