まず、

キーオン時数秒程度で、恐らくマフラーからこもった音でボンと一回出る時があります。

これはダイナSの特徴です。結構どのバイクも割と頻繁になりますので、全く中身とかチェックしてない段階で、これが出ると

『お、ダイナSはってんな』

って感じで判断すします。それぐらい頻発するものなので、異常ではないかと。

さて、症状から見るにかなり濃い状態になっているのかなーと思います。HSR42って事で、オーバーフローしたりなんかしても大丈夫だと思うのですが、95年EVOってことなので、ノーマルであれば負圧コックだったと思います。

稀ですが、この負圧コックからガソリンが流れ込むなんてこともあるので、一度吸気系も見直してみましょう。

その辺を踏まえてと、

1)点火時期が極端に遅い調整ミスかと想像しているのですが、ご見解ありますでしょうか？

ありえると思います。ただセルがガキン！っていうのは点火が早すぎる場合に出る症状ですね。遅すぎる…ではなく早すぎも疑ってもいいかなと。

2)ダイナSの個体が同じで、センサープレートの位置も同じでも、点火マークは排気時になっていたりすることはあるでしょうか？

ダイナSもガバナも真ん中のローターも同じものをつかって同じ位置に組めば元通りの点火時期に戻りますよ。

ただ、どれか一つでも特にダイナS本体のプレートが変わっていると同じ点火時期にはなりづらいと思います。

特にダイナS本体ってかプレートですね、ここ最近はいい感じにみんな同じみたいですが、以前はねぇ・・・
で、点火タイミングが排気の時にってことですが、これはないかな…カムできっちり減速されているのでタイミングマークであればともかくカムカバー内で間違うってことは起こらないと思います。

次に

3) 確実に圧縮時の点火マークである確証をマフラー外さずにする方法はありますでしょうか？

これはタイミングホールをのぞけば一発です。マフラーを外す必要性がちょっと理解できないのですが、完全な位置を出したいならプラグを外しインテーク側のプッシュロットを外してタイミングマークを確認すれば所定の位置にピストンを持ってくることができるでしょう。

ただし個人的はやりません。何度もいろんなところに書いていますが、既にカスタムされた点火装置をノーマルの位置に持ってくることに意味があるとおもえません。

その辺もセッティングと一緒でガンガンいじっても問題無い場所と考えています。

ツー感じです。

ただ点火時期が悪いにしてもなんか極端に悪そうなので、ガバナにくっつけて周るあのローターの向きを一度見てください。

あのローターにもちゃんと向きがあって、ローターをガバナに刺す？でいいかな？わかると思いますが、そのガバナと接する場所は切り欠きが着いています。半円みたいな感じの形状になってますね。

で、そのかけた面をガバナから生えている小さいピンの方に向けてください。

ナンノコッチャ？

と思うかもしれませんが、バラして見てみればわかります。これで正しい向きに組めます。

どっち向きでも入るのでややこしいのですが、簡単な部分なんでここも確認してみましょう。ってか、ここが原因のようなきがする。